Program Studi Doktor Pendidikan Agama Islam (S3 PAI) Sekolah Pascasarjana Universitas Islam Nusantara merupakan bagian dari institusi pendidikan tinggi Islam Ahlussunnah wal Jama’ah An-Nahdliyah yang memiliki komitmen kuat untuk menghasilkan lulusan berkeadaban, berintegritas ilmiah, dan mampu memberikan kontribusi nyata bagi pengembangan pendidikan Islam di tingkat nasional dan global. Visi keilmuan PS S3 PAI diarahkan untuk menjadi pusat unggulan pengembangan ilmu Pendidikan Agama Islam yang transformatif, berkarakter Aswaja An-Nahdliyah, berwawasan rahmatan lil-‘alamin, dan berkontribusi pada pembangunan peradaban Islam yang moderat pada tahun 2045.